西元1999 年 ,一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過�
{查之後發現,宇宙中有可能為人類歷史上最大強敵的高等生物存在,於是各國政府凍結了國家之間的利害關係,成立了整合世界現有國家,組成單一人類政府,並開始重建這艘代號為 ASS-1 的外星太空船。
然而,也就是在這個時候,以蘇聯為首的華約集團,卻主張應重視各國之間文化的差異,而反對這項同盟(諷刺的是,這與共產集團過去的一貫主張與作為,是背道而馳的。),並組成反聯合國同盟,與由西方國家主導的聯合國對抗。在2000到2007年之間,雙方為取得外星人的遺跡與科技而在世界各地進行激烈的爭奪與互角。
2008年,統一戰爭告一段落,反聯合國勢力亦大致遭到壓制。據報在南太平洋的瑪雅島上發現外星人的遺跡,聯合國便派遣特遣艦隊前往回收。然而,同樣得知消息的反聯合國聯盟殘存勢力也派出了特遣艦隊,企圖搶在聯合國軍之前回收這項重要的技術,並扳回當前的頹勢。雙方在這太平洋小島的周邊,展開了一場激烈的海空大戰。
是時,主角工藤真以聯合國軍戰鬥機飛行員的身分,加入了這場戰鬥。